Les substances principales du Millepertuis sont: l'hypéricine, flavonoïdes (quercétine, quercitrine, rodane, rutine), bi flavonoïdes, bi apigénine, amentoflavone, hyperforine, tanins (procyanidines), phytostérines, xanthones (surtout dans la racine), acides phénoliques (acide caféique, acide chlorogénine), acide oléique et linoléique. L'huile essentielle du Millepertuis contient 16% de pinène, caryophyllène, cinéol, cadinène, esters d'acide d'isovalérianique avec des propriétés anti-inflammatoires et calmantes.
L'efficacité sur la dépression est surtout due à:
- l'hypéricine qui augmente l'utilisation de la lumière, ce qui influence le rapport serotonine-mélatonine. Utilisée in vitro, l'hypéricine se lie aux récepteurs à la sérotonine et augmente le niveau nocturne de la mélatonine.
- l'inhibition de MAO et COMT grâce aux flavonoïdes quercétine et quercitrine responsables d'un maintien desneurotransmetteurs (recaptation).
- l'effet calmant grâce à l'affinité de l'amentoflavone avec les récepteurs benzodiazépiques dans le cerveau.
- L'effet digeste (stimulation de l'estomac, du pancréas, du foie et de la vésicule biliaire) serait dû aux xanthones, également présent dans la Gentiane. Le Millepertuis est aussi utilisé en cas d'ulcères de l'estomac. L'effet diurétique est du à la haute concentration de flavonoïdes et l'effet anti diarrhéique et bactériostatique à la présence des tanins.
- L'effet cardiotonique, peu mentionné, est identique à celui du Crataegus et est dû au procyanidines. Les phytostérines règlent les hormones, empêchent la libération de l'interleukine 6 et du CRH (corticoïd releasing hormone) et ont des propriétés antistress. L'huile du Millepertuis est utilisée comme cicatrisant des plaies et des brûlures grâce à l'action régénératrice de l'hyperforine et de l'huile essentielle. Les propriétés antivirales et anti rétrovirales (HIV) de l'hypéricine et de la pseudo-hypéricine ont été décrites.
